Die Herzogenmühle gehört heute zu Wallisellen, wurde aber als volkswirtschaftlich bedeutende Wassermühle am Fabrikkanal der Glatt jahrhundertelang von Schwamendingen für sich beansprucht.
Vermutlich ist die Vorgängerin der Herzogenmühle bereits Ende des 13. Jahrhunderts an dieser Stelle erbaut worden. Jedenfalls gehörte sie ab etwa 1300 dem Grossmünsterstift und bildetete einen wichtigen Teil ihrer Grundherrschaft in Schwamendingen.
Mitte des 14. Jahrhunderts wurde sie von den Gebrüdern Johannes und Konrad Widmer betrieben und 1366 ging sie an den Müller Herzog über. Dieser scheint ihr auch den Namen gegeben zu haben. Andere Quellen behaupten allerdings, dass Herzog Albrecht II von Oesterreich bei der Belagerung der Stadt Zürich um 1352 hier sein Lager aufgeschlagen und der Mühle so zu ihrem Namen verholfen habe.
Im 16. Jahrhundert kaufte der Untervogt Hans Rathgeb von Dietlikon die Mühle für 2900 Gulden.
Sie blieb fast 200 Jahre im Besitz dieser Familie bis sie 1742 von Meister David Ziegler von Wallisellen erworben wurde. Der Betrieb erweiterte sich nun nach und nach um eine Sägerei, eine Schleiferei, eine Hanf- und Flachsstampferei und sogar eine Tabakfabrik. Sie profitierten von der gut erschlossenen Wasserkraft der Glatt.
Im Jahre 1808 wurde die Herzogenmühle von einem schweren Brand heimgesucht, was zum Konkurs der Besitzer führte. Pfarrer Heinrich Ochsner kaufte die Mühle und liess eine Baumwollspinnerei einrichten. Sie wurde schliesslich 1836 von Johann Kaspar Zuppinger erworben. Textilbetriebe, darunter eine neue Stoff-Färberei und -Druckerei, beherrschten nun die Hallen. 1855 wurden 70 Personen beschäftigt, doch die Konkurrenz grosser, moderner Textilfabriken im In- und Ausland machte dem Betrieb immer mehr zu schaffen.
Die Gebäude wurden ab 1925 an verschieden Firmen vermietet. Der ebenfalls an der Glatt gelegene Zweigbetrieb in Dübendorf wurde verkauft, worauf die bekannte Zigarettenfabrik „Memphis“ einzog.
Sowohl Wallisellen wie Schwamendingen beanspruchten bis ins 20. Jahrhundert die Herzogenmühle als ihr Gebiet.
Mit einer Initiative verlangte 1894 Wallisellen die Zuteilung der Herzogenmühle zu ihrer Gemeinde. Der vom Regierungsrat unterbreitete Gegenvorschlag auf Zuteilung zu Schwamendingen wurde vom Zürcher Volk am 17.Juni 1894 abgelehnt. Erst 1933, als Schwamendingen zur Stadt Zürich kam, wurde die Zuteilung auch bezüglich der Schul- und Kirchgemeinden zugunsten von Wallisellen definitiv geregelt.
Aufgrund eines Vermächtnisses von Frau Ida Zuppinger, der letzten Besitzerin der Herzogenmühle, gingen 1953 sämtliche Liegenschaften samt Land- und Wald „im Grindel“ in den Besitz der Gemeinde Wallisellen über. Die Fabrikgebäude wurden verpachtet und im ehemaligen Wohnhaus der Besitzerfamilie wurde ein Altersheim eingerichtet. Obwohl der Grundbesitz auf Wunsch der Vermächtnisgeberin nicht überbaut werden sollte, wurde er durch den Bau der Autobahn beeinträchtigt. Trotzdem sei Ihnen ein Spaziergang über die Glatt zur geschichtsträchtigen Herzogenmühle herzlich empfohlen!